A történeti gyűjtemény részei
Szabó-gyűjtemény
Az Eötvös Loránd Tudományegyetem által átadott, csaknem 4100 tételes gyűjtemény Szabó József egyetemi tanár (1822–1894), „a magyar geológia atyja” és néhány tanítványa és tanársegéde (Szádeczky Gyula) által a XIX. sz. második felében, főként az akkori Magyarország területén, a Körmöci-, Selmeci- és Eperjes–Tokaji-hegységben, valamint található kainozoikumi vulkáni hegységekben gyűjtött kőzet- és ércmintákat tartalmaz. A példányok többségén megtalálható az eredeti gyűjtési számjel, amelynek segítségével a minta Szabó József – többségében a MFGI Tudománytörténeti Gyűjteményében őrzött – terepi gyűjtőnaplóiban azonosítható. A Szabó-féle anyag többi része jelenleg is az ELTÉ-n található.
Zipser-gyűjtemény
Christian Andreas Zipser (1783–1864) besztercebányai tanár és természetbúvár mintegy 460 tételes gyűjteménye Stockholmból, a Svéd Természettudományi Múzeum adományaként került a múzeumba 2013-ban, részben az eredeti katalógusokkal együtt. A történelmi Magyarország területén fekvő, már rég hozzáférhetetlen lelőhelyekről származó példányokat tartalmaz. Jelentősége emellett abban áll, hogy képet ad Zipser – a XIX. század elejének talán legjelentősebb magyarországi ásványgyűjtője – gyűjtői tevékenységéről. Zipser ugyan számos mintakollekciót adományozott külföldi tudományos intézeteknek, itthon ilyen nem maradt fenn, és Zipser saját ásványgyűjteménye is szétszóródott halála után.
Régi kutatói mintaanyagok gyűjteménye
Elsősorban a tár egykori munkatársaitól származó kutatási mintaanyag alkotja ezt a részkollekciót, melynek nyilvántartásba vétele jelenleg is folyik. 2013 végén mintegy 1100 tételt számlált. Pillanatnyilag a következő személyek kutatási mintáit tartalmazza [szögletes zárójelben a tár, ill. jogelődeinek alkalmazásában eltöltött idő]: Jugovics Lajos (1887–1975 [1910–1911]), Kaszanitzky Ferenc [1957–1963], Lengyel Endre (1895–1981), id. Lóczy Lajos (1849–1920 [1874–1883]), Mauritz Béla (1881–1971), Scherf Emil (1889–1967), Tokody László (1898–1964 [1944–1963]), Vinczéné Szeberényi Helga (1938 [1961–1993])
Tártörténeti gyűjtemény
Ez a gyűjtemény a katalógusok és az alátétcédulák hiányában vagy egyéb okokból a törzsgyűjteménybe nem besorolt, de a rajtuk lévő címkék alapján a gyűjtemény 1956 előtti anyagához tartozó, mintegy 800 példányból áll.
Vékonycsiszolatok gyűjteménye
E most felállított egységbe gyűjtjük össze a tárban a konkrét példányoktól elkülönülten fellelhető vékonycsiszolatokat. Ezek jelentős része a tár egykori munkatársainak kutatásaihoz kapcsolódik, de az 1956 után a Magyar Állami Földtani Intézettől kapott példányokhoz tartozó és egyéb eredetű vékonycsiszolatok is szép számmal vannak a 2013 végén 812 darabos anyagban.