A gyűjtemény herbáriumi része a Ludovika épületében, mobil tárolóegységekben található. A folyadékos anyagból a Kol-gyűjtemény külön szobában, parafadugóval lezárt kémcsövekben, glicerines, formaldehides oldatban van, külön ehhez a gyűjteményhez gyártott dobozokban. Az 1980-as évek végén és az 1990-es években ampullákban tároltuk az anyagokat. Ez a tárolási mód az 1980-as évek elején kezdődött, mikor Padisák Judit ilyen formában kapott külföldről vizsgálati anyagot. Ezután több ezer üres ampullát rendeltünk. Az ampullákba pausz papírra ceruzával vagy tustintával írt cédulák kerültek, rajta a gyűjtés éve és egy sorszám. Gázláng fölött zártuk le az ampullákat. A kézzel történő lezárás következtében azonban az elvékonyított üveg idővel gyakran megpattan, elvékonyodik, hajszálrepedések keletkeznek rajta. Ez történt az ampullákkal is, az így tárolt anyag jelentős része kiszáradt. Ezek a minták kovaalgák vizsgálatára még megfelelőek, de más feldolgozásra nem. Az utóbbi években műanyag fiolákban, illetve Eppendorf-csövekben tároljuk a folyadékos mintákat.
2011-ben Hajós Márta 11 500 lemezből álló kovaalga-gyűjteménye a Magyar Állami Földtani Intézet rákóczitelepi raktárából tartós tárolásra a Magyar Természettudományi Múzeumba került. A lemezekről készült katalógus a gyűjteményben hozzáférhető.
Az utóbbi években fúrásokból származó anyagok is gazdagítják a gyűjteményt. A paleolimnológiai vizsgálatokra számos tóból és lápból (többek között a székelyföldi Szent Anna-tóból, a retyezáti gleccsertavakból, a Balatonból és a keleméri Kis-Mohosból) vettek mintákat. Általában kis mennyiségű (1 cm3-nyi) minta érkezik műanyag zacskóban diatómavizsgálatokra. A mintákat sósavas és hidrogén-peroxidos roncsolás után többször kimossuk, majd egy részüket tárgylemezre cseppentjük, a többit száradás után műgyantába ágyazzuk. A lemezek a diatómagyűjteménybe kerülnek, a tisztított anyag általában Eppendorf-csövekbe, majd dobozokba. Ebből az anyagból lehet pásztázó eletronmikroszkópos vizsgálatokat végezni. Az utóbbi időben újabb „gyűjteményi egység” kezd formálódni, a pásztázó elektronmikroszkópos vizsgálathoz kicseppentett, aranyozott mintáké. Jelenleg a pénzforgalomból korábban kivont egy és kétforintosokra cseppentjük ki a mintákat. Ezek komoly értéket képviselnek, bármikor újravizsgálhatóak, a rajtuk lévő példányokról fotódokumentáció készül. Az érméket műanyag CD-tartó dobozokban, kétoldalas ragasztóval rögzítve tároljuk.